在交通事故中，电瓶车占主要责任且车辆被扣的情况下，您可以按照以下步骤处理：

1. 了解扣车原因与法律依据
   根据《道路交通安全法》第72条，交警为收集证据可以扣留事故车辆，但需出具《行政强制措施凭证》。您可要求交警说明扣车具体原因（如车辆性能检测、事故责任认定需要等），并确认扣车期限（一般不超过30日，经批准可延长30日）。

2. 配合事故责任认定流程

   • 交警会在扣车后10日内出具《道路交通事故责任认定书》，明确电瓶车与机动车的责任比例。
     
   • 若您对责任认定有异议，可在收到认定书3日内向上一级交警部门申请复核。
     
   • 关键点：即使电瓶车占主责，机动车一方仍可能因未尽安全注意义务承担次责（如未保持安全距离、未及时制动等），需结合具体案情分析。

3. 处理车辆放行与赔偿问题

   • 车辆放行：责任认定后，交警应立即放行车辆。若需检验鉴定，需在检验报告、鉴定意见确定后5日内放行。您可凭《放行通知书》到停车场取车，无需缴纳停车费（由行政机关承担）。
     
   • 赔偿协商：根据责任比例，双方需协商赔偿金额。例如，若电瓶车主责70%、机动车次责30%，则电瓶车方需承担自身损失的70%及机动车方损失的30%。
     
   • 保险理赔：机动车方应优先通过交强险赔偿（财产损失限额2000元），不足部分由商业三者险补充；电瓶车若投保非机动车险，也可申请理赔。

4. 特殊情形处理

   • 电瓶车属性争议：若电瓶车被鉴定为机动车（如时速超25km/h、整车质量超55kg），则需按机动车标准处理，可能涉及无证驾驶、未投保交强险等违法情形，责任比例可能调整。
     
   • 人员伤亡处理：若事故造成人员伤亡，需优先救治伤者，并保留医疗费用票据。赔偿项目包括医疗费、误工费、护理费等，必要时可通过诉讼解决。

5. 后续法律程序建议

   • 若协商不成，可向法院提起民事诉讼，需准备事故认定书、医疗记录、维修发票等证据。
     
   • 若电瓶车方拒不赔偿，机动车方可申请强制执行，法院可查封、扣押其财产。

温馨提示：处理过程中需保留所有书面凭证（如扣车凭证、责任认定书、赔偿协议等），避免口头约定。如有疑问，可直接向我咨询具体操作细节。