已退休员工与公司自愿达成经济补偿金协议是有效的。以下是对这一结论的详细阐述：

法律背景

在劳动法律关系中，虽然员工已经退休，但如果其与公司之间就经济补偿金等事宜自愿达成协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的合法权益，那么该协议就具有法律效力。

协议有效性分析

1. 自愿性：协议的有效性首先基于双方的自愿。如果已退休员工与公司是在平等、自愿的基础上达成的经济补偿金协议，那么该协议就具备了有效性的基础。
2. 合法性：协议的内容必须合法，不能违反法律法规的强制性规定。例如，协议中约定的经济补偿金数额、支付方式等条款，都应当符合相关法律法规的规定。
3. 不损害他人利益：协议不能损害国家、集体或第三人的合法权益。如果协议的内容侵犯了这些权益，那么该协议可能会被认定为无效。

法律建议

1. 明确协议内容：在签订经济补偿金协议时，双方应当明确协议的具体内容，包括经济补偿金的数额、支付方式、支付时间等，以避免后续产生纠纷。
2. 保留证据：为了证明协议的有效性，双方应当妥善保留与协议签订相关的证据，如书面协议、聊天记录等。
3. 咨询专业意见：在签订协议前，建议双方咨询专业律师的意见，以确保协议内容的合法性和有效性。

综上所述，已退休员工与公司自愿达成的经济补偿金协议是有效的，但前提是双方必须是在平等、自愿的基础上达成协议，且协议内容必须合法、不损害他人利益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。