全年工资总数不超过6万但单月超过5000元，若选择由用人单位每月代为申报个税，则会先扣后退，年终汇算清缴时多退少补。以下是对此情况的详细分析：

一. 个税征收方式与计税周期

1. 按月预缴：根据《个人所得税法》及相关规定，个人所得税通常按月预缴。如果单月工资超过5000元（个税起征点），用人单位会按照税法规定代扣代缴个人所得税。
2. 按年汇算清缴：个人所得税是按年计征的。年终时，需要对全年收入进行汇算清缴，多退少补。如果全年工资总数不超过6万元，且没有其他需要纳税的收入，那么年终汇算清缴时，之前按月预缴的税款将会退还。

二. 您的实际情况分析

• 您全年工资总数不超过6万元，但单月工资超过5000元。这意味着在按月预缴阶段，您可能需要缴纳一定的个人所得税。
• 然而，由于您的全年收入未达到个税起征点（6万元），年终汇算清缴时，您之前预缴的税款将会得到退还。

三. 建议与操作

• 无需担心：您无需担心单月工资超过5000元就需要长期缴纳个人所得税，因为年终会进行汇算清缴，多退少补。
• 了解汇算清缴：建议您了解并关注年终的个税汇算清缴流程，确保自己的权益得到保障。
• 咨询税务部门：如有任何疑问或需要进一步的帮助，您可以咨询当地税务部门或专业律师。

综上所述，全年工资总数不超过6万元但单月工资超过5000元的情况下，您无需长期缴纳个人所得税。年终汇算清缴时，之前按月预缴的税款将会退还给您。如有进一步需要，您可以继续咨询我。