是的，行政机关不在法定期限内作补偿决定属于违法行为。

首先，根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定，市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作。在征收过程中，如果房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。这表明，行政机关负有作出补偿决定的法定职责。

其次，根据《行政诉讼法》的规定，如果公民、法人或者其他组织申请行政机关履行保护其人身权、财产权等合法权益的法定职责，行政机关在接到申请之日起两个月内不履行的，公民、法人或者其他组织可以向人民法院提起诉讼。这意味着，如果行政机关超过法定期限未依法作出补偿决定，其行为将构成违法。

最后，如果行政机关确实存在超过法定期限未作出补偿决定的情况，人民法院经过审理查明后，可以判决行政机关在一定期限内履行其法定职责，即作出补偿决定。

综上所述，行政机关不在法定期限内作补偿决定是违法的，且行政机关应当依法履行其作出补偿决定的职责。如果行政机关未依法履行，公民、法人或者其他组织有权向人民法院提起诉讼，以维护自身的合法权益。