招标公司甲方选择合法乙方的关键在于遵循相关法律法规，确保招标过程的公平、公正、公开，以及乙方的合法资质与履约能力。以下是对此问题的详细分析：

一. 遵循招标法律法规

1. 招标方式的选择：根据《中华人民共和国招标投标法》，招标方式分为公开招标和邀请招标。甲方应根据项目特点和需求，选择合适的招标方式，并确保招标过程符合法律要求。

   • 公开招标：通过公告形式邀请不特定的法人或其他组织投标，适用于项目规模较大、涉及面较广的情况。
   • 邀请招标：向三个以上具备承担招标项目能力、资信良好的特定法人或其他组织发出投标邀请，适用于项目专业性较强或潜在投标人数量有限的情况。

2. 招标文件的编制与发布：招标文件应包含项目概况、招标范围、投标资格要求、评标标准和方法、合同主要条款等内容，并确保其合法、合规。招标文件发布后，不得随意修改或撤销。

二. 确保乙方的合法资质

1. 资质审查：甲方在招标过程中，应对投标人的资质进行严格审查，包括营业执照、相关许可证、资质证书等，确保乙方具备承担招标项目的能力。

2. 信誉考察：除了资质审查，甲方还应关注乙方的信誉情况，如过往业绩、合同履行情况、诉讼记录等，以评估乙方的履约能力和诚信度。

三. 公平、公正、公开的评标与定标

1. 评标委员会的组建：评标委员会应由招标人代表和有关技术、经济等方面的专家组成，成员人数应为五人以上单数，其中技术、经济等方面的专家不得少于成员总数的三分之二。评标委员会应独立、公正地履行评标职责。

2. 评标标准与方法：评标标准和方法应在招标文件中明确，并不得含有倾向性、歧视性条款。评标过程中，应严格按照招标文件规定的标准和方法进行评标，确保评标结果的公平、公正。

3. 定标与公示：评标结束后，甲方应根据评标委员会推荐的候选人名单确定中标人，并进行公示。公示期满无异议的，方可向中标人发出中标通知书。

四. 合同签订与履行

1. 合同签订：中标通知书发出后，甲方与乙方应依法签订书面合同，合同内容应与招标文件、投标文件及中标通知书的内容一致。

2. 合同履行：在合同履行过程中，甲方应监督乙方按照合同约定履行义务，确保项目顺利实施。如乙方存在违约行为，甲方应及时采取措施维护自身合法权益。

我建议：甲方在选择乙方时，应充分了解乙方的资质、信誉、履约能力等方面的情况，并遵循相关法律法规进行招标、评标和定标。同时，在合同签订和履行过程中，甲方应严格履行合同义务，确保项目的顺利实施和自身合法权益的维护。如有进一步需要，您可以继续咨询我。