母公司承接工程后交由子公司施工，在一般情况下是会被认定为转包的。以下是对此问题的详细分析：
法规依据
根据《建筑法》第二十八条的规定，禁止承包单位将其承包的全部建筑工程转包给他人，同时也禁止将工程肢解后以分包的名义转包。类似地，《合同法》第二百七十二条和《招标投标法》第四十八条也有相关规定，均明确禁止承包人将中标项目转让他人。这些法律条文中的“他人”，指的是承包人（中标人）以外的法律主体，包括具有独立法人资格的子公司。
实务解析
在实务中，母公司承接工程后交由子公司施工的情形较为常见，但这一做法存在法律风险。住房和城乡建设部颁布的《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》第八条明确规定，母公司承接建筑工程后将所承接工程交由具有独立法人资格的子公司施工的情形，属于转包行为。
转包行为不仅可能导致合同无效，还可能引发一系列法律后果，包括建设单位有权解除合同并要求承包人承担违约责任，以及转包人可能承担连带法律责任，甚至面临刑事处罚和行政处罚。
合法合规建议
为避免法律风险，集团性工程企业在进行内部资源配置时，应遵循合法合规的原则。以下是一些建议：
联合体投标：母公司和子公司可以组建联合体参与投标，这样在中标后可以自行进行内部责任分工，实现资源最优配置。但需注意，联合体一方不进行施工也未对施工活动进行组织管理的，并收取管理费的，会被视为转包。
分包方式：承包人可以将非主体性、关键性工程交由其他有资质的单位实施。但需注意，分包应遵守相关法律法规，不得违法分包。
设立分公司：通过设立分公司的方式，将工程交由分公司实施。分公司属于总公司的内部分支机构，不具有独立的法人资格，因此不属于转包或分包行为。
综上所述，母公司承接工程后交由子公司施工在一般情况下会被认定为转包，存在法律风险。为避免这些风险，建议企业采取合法合规的方式进行内部资源配置。如有进一步疑问或需要法律支持，请随时向我咨询。