公司要求你因证书补贴开具发票是不合法的。下面是对此问题的详细分析：

一. 发票的开具与用途

1. 发票的开具原则：根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》的规定，填开发票的单位和个人必须在发生经营业务确认营业收入时开具发票。未发生经营业务一律不准开具发票。这意味着，发票的开具应基于真实的经营业务。

2. 你的情况分析：你离职时赔偿公司证书考证所用的培养费用，这并非公司经营业务的一部分，而是你与公司之间的个人赔偿行为。因此，这种情况下，公司不应要求你开具发票。

二. 发票与税费抵扣

1. 发票与税费的关系：发票是税务管理的重要工具，用于记录交易行为并作为税费抵扣的依据。但前提是发票必须基于真实的经营业务开具。

2. 你的情况与税费抵扣：由于你的赔偿行为不属于公司经营业务，因此即使开具了发票，也不能用于抵扣个人平常开发票所缴纳的增值税或个税等税费。

三. 结论与建议

1. 结论：综上所述，公司要求你因证书补贴开具发票是不合法的，且该发票不能用于税费抵扣。

2. 建议：你可以与公司沟通，解释发票开具的法律规定，并明确拒绝开具发票的要求。如果公司坚持要求，你可以考虑咨询税务部门或法律机构以维护自己的合法权益。

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