公司小股东以公司名义签订协议，其效力需视具体情况而定。以下是对此问题的全面分析：
若小股东为法定代表人：
- 在其职权范围内，以公司名义签订的协议通常有效。因为法定代表人代表公司从事民事活动，其行为后果由公司承担。
- 即便超越职权，但相对人有理由相信其有代理权的，构成表见代理，协议依然有效。
若小股东非法定代表人：
- 若其持有公司有效授权委托书，在授权范围内签订的协议有效。授权范围明确的，超出部分效力待定，需公司追认，公司追认则有效，拒绝追认则对公司不发生效力。
- 若无有效授权，也不构成表见代理，且未经公司追认，该协议对公司不发生效力，由小股东自行承担责任。但如果相对人善意且无过失，符合表见代理构成要件，公司仍可能需承担协议责任。
特定情形下的协议效力：
- 如果公司内部有明确规定限制小股东使用公章签订此类协议，且相对人知晓该限制，或者小股东与相对人恶意串通损害公司利益等，协议可能被认定为无效或可撤销。
综上所述，公司小股东以公司名义签订协议的效力，关键在于其是否有代表权或代理权，以及相对人是否善意无过失等。在签订协议前，建议明确小股东的身份和权限，并确保协议内容合法合规，以维护各方合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。