公司不是实名股东（即名义股东）签的协议，在满足一定条件下是有效的。以下是对此问题的详细分析：
协议有效的前提条件
双方真实意思表示：
- 协议需基于双方自愿协商，内容不得违反法律强制性规定或公序良俗。例如，若实际出资人因特殊身份限制（如公务员）而委托他人代持股权，此类规避法律的约定无效。但如果是正常的商业代持安排，且双方意思表示真实，则协议有效。
不违反法律法规：
- 协议条款不得损害国家、集体或第三人利益。例如，通过代持股逃避债务责任的约定将被认定为无效。同时，协议内容需符合《公司法》等相关法律法规的规定。
主体具备民事行为能力：
- 签订协议的双方必须是具有完全民事行为能力的自然人或法人。若名义股东或实际出资人为未成年人、精神病人等无民事行为能力或限制民事行为能力人，其签订的协议可能效力待定或无效。
协议有效的法律依据
- 《公司法司法解释三》第二十四条：明确认可了有限责任公司中实际出资人与名义股东之间代持股协议的效力，但强调该协议仅约束签约双方，不能对抗外部善意第三人。这意味着，虽然名义股东与实际出资人之间的协议有效，但公司或其他股东可能并不知晓这一安排，因此名义股东的行为（如转让股权）在对外关系上可能仍被视为有效。
协议有效的作用与风险
作用
明确权利义务：
- 协议可约定投资收益归属、责任承担方式等核心事项。例如，协议可规定名义股东未经实际出资人同意不得擅自转让股权，从而保护实际出资人的利益。
提供维权依据：
- 当发生纠纷时，有效协议可作为主张权利的关键证据。例如，实际出资人可凭协议要求名义股东返还分红款或承担违约责任。
风险
对外效力局限：
- 协议无法直接约束公司或其他股东。例如，名义股东擅自将股权转让给第三人的，实际出资人只能追究其违约责任，而无法直接否定转让效力（除非能证明第三人非善意）。
法律风险：
- 若名义股东涉及债务纠纷，代持股权可能被法院强制执行。此时实际出资人需通过执行异议程序维护权益，存在不确定性。此外，如果名义股东的行为违反了法律法规或公司章程的规定，实际出资人也可能因此受到牵连。
提升协议有效性的建议
书面化约定：
- 采用书面形式固定关键条款，避免口头约定的举证困难。书面协议应详细列明双方的权利义务、违约责任等内容。
细化权利义务：
- 明确表决权行使、知情权保障、税费分担等具体事项。例如，约定名义股东配合办理工商变更登记的具体流程和时间节点。
设置违约条款：
- 约定违约金或赔偿标准，增强协议约束力。例如，规定名义股东擅自处分股权时需按股权价值的两倍赔偿实际出资人的损失。
总结来说，公司不是实名股东签的协议在满足一定条件下是有效的，但需要注意协议的对外效力局限和法律风险。为了确保协议的合法性和有效性，建议在签订前咨询专业律师（即我本人），并根据具体情况进行必要的登记备案手续。如果你有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。