结论前置：个人挂靠有资质施工单位施工时，施工单位是否能根据内部协议约定追索亏损赔偿，取决于协议的具体内容、挂靠关系的性质以及相关法律法规的规定。一般来说，如果内部协议合法有效且明确约定了亏损赔偿条款，施工单位有权依据协议追索亏损赔偿。但需注意，挂靠行为本身可能违反法律法规，影响协议的效力。
分析说明：
内部协议的有效性：
- 内部协议是施工单位与个人之间就挂靠施工事项所达成的约定。如果协议内容合法，双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议是有效的。
- 在协议有效的前提下，如果明确约定了亏损赔偿条款，且个人在施工过程中确实导致了施工单位亏损，那么施工单位有权根据协议约定追索亏损赔偿。
挂靠关系的性质：
- 挂靠是指个人或企业以其他有资质的施工单位的名义承揽工程的行为。这种行为在法律上可能被视为无效，因为挂靠者通常不具备相应的施工资质。
- 如果挂靠行为被认定为无效，那么基于该挂靠关系所签订的内部协议也可能受到影响，甚至被认定为无效。在这种情况下，施工单位可能无法根据内部协议追索亏损赔偿。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国合同法》等相关法律法规的规定，施工合同应当具备相应的资质和条件，否则可能被视为无效。
- 如果内部协议因违反法律法规而被认定为无效，那么其中的亏损赔偿条款也将失去法律效力。施工单位在这种情况下将无法通过法律途径追索亏损赔偿。
实际操作的考虑：
- 在实际操作中，施工单位在追索亏损赔偿前，应当仔细审查内部协议的有效性以及挂靠关系的合法性。
- 如果协议有效且挂靠关系合法，施工单位可以依据协议约定进行追索。但如果存在任何违法或无效的情况，施工单位应当谨慎行事，并考虑通过其他途径解决亏损问题。
总结：综上所述，个人挂靠有资质施工单位施工时，施工单位是否能根据内部协议约定追索亏损赔偿是一个复杂的问题。这取决于协议的有效性、挂靠关系的性质以及相关法律法规的规定。因此，在实际操作中，建议施工单位在签订内部协议前仔细审查相关条款和资质要求，并在必要时咨询专业律师以确保自身权益得到保障。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。