村级法人代表能以自然人身份注册公司承包集体水库经营，但这一行为需满足一定的条件和程序。以下是对这一问题的详细分析：

1. 身份转换：村级法人代表在其履行村级法人职责时，代表的是村级法人的利益。然而，作为自然人，他/她同样具有个人的法律地位和权利。因此，村级法人代表可以以自然人的身份去注册公司，这是其作为公民的基本权利。

2. 公司注册与经营：以自然人身份注册公司，需要遵循公司法的相关规定，包括注册资本、公司章程、股东结构等。一旦公司注册成功，该公司便具有独立的法人地位，可以依法进行各种经营活动，包括承包集体水库等。

3. 承包集体水库：承包集体水库作为公司的经营活动，需要遵守相关法律法规和政策。这包括但不限于土地承包法、水资源管理法等相关规定。在承包过程中，公司需要与水库的所有权人（如村集体）签订承包合同，明确双方的权利和义务。

4. 潜在风险与注意事项：

   • 利益冲突：村级法人代表在以自然人身份注册公司并承包集体水库时，应确保不存在利益冲突，即不得利用其在村级法人中的职位或权力为公司谋取不正当利益。
   • 合规性：整个过程中，应严格遵守相关法律法规和政策，确保所有行为的合规性。
   • 透明度：为了提高透明度和公信力，建议村级法人代表在进行此类操作时，进行必要的公示和说明，以避免潜在的误解和争议。

综上所述，村级法人代表能以自然人身份注册公司承包集体水库经营，但在实际操作过程中，应充分考虑和遵守相关法律法规和政策，确保行为的合法性和合规性。如有任何具体法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。