首先，针对您提出的“烟草证副本丢了但是有案底”的问题，核心在于烟草证副本的丢失以及案底的影响。这里我会分两部分进行解答：

1. 烟草证副本丢失的处理：

   • 烟草证副本丢失后，您是可以进行补办的。根据《烟草专卖许可证申请与办理程序规定》，您需要携带有效身份证明到当地烟草专卖局申请办理补办手续。
   • 补办时，您需要提交以下材料：烟草专卖许可证管理类事项申请表、遗失或损毁证明、以及审批机关规定需要提供的其他材料。
   • 您可以选择书面方式提交申请，也可以通过信函、电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件等方式提出申请，但后者需由受理机关将其转换为格式文本并经您确认。
   • 如果您不方便亲自办理，还可以委托代理人提出申请，但代理人需要提供委托书、委托人及代理人的身份证明。

2. 关于“有案底”的影响：

   • “有案底”通常指的是个人有犯罪记录或者不良记录。对于烟草证副本的补办，一般情况下，案底并不会直接影响补办手续的进行。
   • 但是，如果案底与烟草经营相关，比如因烟草违法被处罚过，那么在申请补办时，烟草专卖局可能会对此进行审查，并可能根据具体情况决定是否给予补办。
   • 如果担心案底会影响补办，建议您在申请前先咨询当地烟草专卖局，了解具体的审查标准和要求。

综上所述，烟草证副本丢失后，您应尽快按照相关规定和程序进行补办。同时，如果“有案底”，建议提前咨询当地烟草专卖局，了解可能的影响和审查要求。如有其他法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。