企业询证函通常需要留一份。以下是对这一问题的详细分析：

一. 企业询证函的基本用途

企业询证函，作为会计师事务所对公司账目进行审计时的一种审计证据，其目的在于核实和确认相关当事人及应收应付账款记录的真实性与正确性。本质上，询证函是对账函，用于核对账目，而非催款清算。

二. 企业询证函的发送与留存

1. 发送数量：根据常规操作，公司间发送往来询证函时，通常会发送两份给对方公司。一份作为对方公司的留存，用于核对和确认相关信息；另一份则由对方公司签字盖章后返回，作为发函方进行账务处理的依据。

2. 留存目的：

   • 对方公司留存：对方公司留存的询证函用于内部核对账目，确保记录准确无误。
   • 发函方留存：发函方留存的询证函及其返回件，是账务处理的重要依据，也是未来可能出现争议时的解决依据。

三. 法律与实践中的考量

1. 法律效力：虽然询证函确认的事项是对被审计单位与被询证者之间债权债务关系的确认，在争议纠纷中能够作为证据使用，但单一的询证函往往难以得到法官的采信。在法院判决中认可询证函中所载明欠款数额的，也多以结合询证函及其他相关资料综合认定。

2. 实际操作：在实际操作中，如果发函方只发送了一份询证函，而对方公司不愿意退回原件，通常可以通过要求对方回复盖章的复印件来解决。但为了避免这种情况，建议一开始就按照常规操作发送两份询证函。

四. 我的建议

我建议企业在发送询证函时，遵循常规操作，发送两份给对方公司，并妥善留存返回件。这样不仅能确保双方公司的财务记录保持一致，还能为未来可能出现的争议提供有力的解决依据。

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