三方协议盖成了合同章，在多数情况下是有效的。以下是对此问题的详细分析：
一. 合同章的法律效力
合同章的定义与用途：合同章是单位用于对外签订合同等具有法律效力文件的专用印章，具有一定的法律效力和证明力。
合同章的有效性：从法律角度来看，只要合同章是真实有效的，且在签订三方协议的过程中，各方当事人的意思表示真实、一致，没有违反法律法规的强制性规定，那么该三方协议就应当具有法律效力。
二. 特定情况下可能存在的问题
合同章使用超出授权范围：如果合同章的使用超出了单位的授权范围，可能会影响到三方协议的效力。
合同章存在瑕疵：如印章被盗用、伪造等，也可能影响到三方协议的效力。
协议中的特定约定：如果三方协议中明确约定必须使用特定的印章（如公章等），而加盖的是合同章，可能会引发争议。
三. 建议与应对措施
确认合同章的真实性：首先，需要确认加盖的合同章是真实有效的，且该合同章的使用符合单位的授权范围。
检查协议内容：仔细检查三方协议的内容，确保各方当事人的意思表示真实、一致，且协议内容没有违反法律法规的强制性规定。
与各方沟通：如果合同章的使用存在疑问或争议，建议及时与协议的其他各方进行沟通，明确各方的真实意图和约定。
补充协议或更正：如果确实存在合同章使用不当的情况，可以考虑与各方协商签订补充协议或更正协议，以明确各方的权利和义务。
法律咨询：如有必要，可以寻求专业律师的法律咨询，以确保协议的合法性和有效性。
我的观点是，在签订三方协议时，应尽量避免使用非约定的印章，以减少潜在的纠纷。但如果已经发生了这种情况，也不必过于担心，只要合同章是真实有效的，且协议内容合法、各方意思表示真实，该三方协议通常仍然是有效的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。