工程罚款收款应严格遵循法定程序，并在确保合法性的前提下进行。

一. 工程罚款的合法性

1. 法律依据：根据《中华人民共和国建筑法》的相关规定，对于违反建筑法规定的行为，如未取得施工许可证擅自施工、将工程发包给不具有相应资质条件的承包单位等，相关部门有权责令改正并处以罚款。这为工程罚款提供了法律依据。
2. 罚款通知单：在实施罚款前，应向违法的建设单位或施工单位出具罚款通知单，明确指出其工程中存在的质量问题及安全隐患，并注明罚款的金额以及希望其接受教训、完善安全管理制度和设施的意见。

二. 工程罚款收款的流程

1. 出具罚款通知单：首先，相关部门或机构需向违法单位出具正式的罚款通知单，这是收款流程的第一步。
2. 确定罚款金额：罚款通知单中应明确注明罚款的金额，该金额应依据相关法律法规及实际情况进行合理确定。
3. 收款方式：收款方式可以多样，如通过银行转账、现金缴纳等。具体方式应根据实际情况和相关部门的规定来确定。
4. 收款确认：收款后，应出具正式的收款确认书或收据，以证明罚款已经缴纳。

三. 注意事项

1. 确保合法性：在整个罚款收款过程中，必须确保所有行为的合法性，包括罚款的依据、金额、收款方式等。
2. 保留证据：罚款通知单、收款确认书或收据等重要文件应妥善保存，以备后续可能的法律纠纷或审计需要。

我建议，在实际操作中，应严格按照上述流程进行工程罚款收款，并确保所有行为的合法性和合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。