总监理工程师辞职后有在建项目，一般不能立即在新单位注册。具体分析如下：
一. 注册相关规定
- 根据《注册监理工程师管理规定》，监理工程师在注册期间需要履行相应的职责和义务，包括完成所负责的工程监理项目。若监理工程师在负责的项目未完成时辞职，并试图在新单位进行注册，这可能违反其原注册时的承诺和责任。
- 同时，该规定也明确要求，监理工程师在申请注册时，需要提交与聘用单位签订的聘用劳动合同复印件，以及工程监理单位出具的申请人的工程监理业绩证明材料。若在建项目未完结，原聘用单位可能不会出具相关的业绩证明材料，这会影响到新单位的注册申请。
二. 实际操作中的考虑
- 在实际操作中，若总监理工程师辞职后有在建项目，通常需要先与原聘用单位协商处理好在建项目的相关事宜，如项目交接、责任划分等。只有在确保原项目得到妥善处理，且满足新单位注册所需的所有条件后，才能考虑在新单位进行注册。
三. 特殊情况
- 当然，也存在一些特殊情况。例如，如果原聘用单位同意并出具相关证明，且新单位也了解并接受总监理工程师的在建项目情况，那么在某些情况下，可能可以实现在新单位的注册。但这需要双方单位的协商和认可，并满足相关法规的要求。
我建议总监理工程师在辞职前，应充分考虑到在建项目的情况，并与原聘用单位协商处理好相关事宜。在确保满足新单位注册条件的前提下，再进行注册申请。如有进一步需要，您可以继续咨询我。