公司掌握证据由法院责令提交的主要依据是《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》中的相关规定。具体来说：

1. 法律依据：

   • 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第一百一十二条：“书证在对方当事人控制之下的，承担举证证明责任的当事人可以在举证期限届满前书面申请人民法院责令对方当事人提交。申请理由成立的，人民法院应当责令对方当事人提交，因提交书证所产生的费用，由申请人负担。对方当事人无正当理由拒不提交的，人民法院可以认定申请人所主张的书证内容为真实。”

2. 具体流程：

   • 当事人向法院提交申请，申请中需要明确内容、待证事实及理由。
   • 法院收到申请后，会询问对方意见，并对申请进行首次审查。若法院认为无必要，会不予准许。
   • 若对方抗辩没有控制该书证，法院会进行二次审查。理由不成立的，会通知申请人。
   • 若法院认为有必要，会出具书面裁定，责令对方提交。此时，若对方再不提交，法院可以认定对方当事人所主张的书证内容为真实。

3. 特殊情况：

   • 如果持有书证的当事人以妨碍对方当事人使用为目的，毁灭有关书证或者实施其他致使书证不能使用行为的，人民法院可以认定对方当事人主张以该书证证明的事实为真实，并可能对其处以罚款、拘留等处罚。

综上所述，公司掌握证据而由法院责令提交的主要依据是《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第一百一十二条的规定。在实际操作中，应遵循相应的流程和规定，以确保合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。