残疾人把房子建在了基本农田里是违法的。下面我将从法律角度详细解释这一结论：

法律背景

1. 基本农田的保护：

   • 基本农田是国家的重要粮食生产基地，受到法律的严格保护。
   • 《中华人民共和国土地管理法》等法律法规明确规定了基本农田的用途和保护措施。

2. 建设用地的规定：

   • 建设房屋等建筑物需要依法申请建设用地，并办理相关审批手续。
   • 基本农田不属于可以随意用于建设的土地范围。

具体分析

1. 残疾人建房的特殊性：

   • 残疾人作为社会特殊群体，在建房方面可能享有一定的政策优惠或支持，但这并不意味着可以违反土地管理法规。
   • 残疾人建房同样需要遵守土地管理法规，包括基本农田的保护规定。

2. 违法后果：

   • 在基本农田上建房属于非法占用土地的行为，将面临法律制裁。
   • 相关执法部门会依法进行查处，可能要求拆除违法建筑、恢复土地原状，并可能处以罚款等行政处罚。

法律建议

1. 咨询相关部门：

   • 如果残疾人有建房需求，应首先咨询当地土地管理部门或相关部门，了解合法的建房程序和条件。

2. 申请建设用地：

   • 按照法定程序申请建设用地，并办理相关审批手续，确保建房行为的合法性。

3. 遵守法律法规：

   • 无论是否为残疾人，都应严格遵守土地管理法规，保护基本农田等宝贵土地资源。

综上所述，残疾人把房子建在了基本农田里是违法的，需要依法承担相应的法律责任。如果有建房需求，应咨询相关部门并办理合法手续。