在犯罪情节轻微不起诉的情况下，通常不会留下案底。但值得注意的是，相关记录仍可能在公安机关的办案系统中存在并可被查询。

详细分析如下：

“案底”一般指的是某人过去犯法或犯罪行为的正式记录，即经法院审判判定有罪并进行了相应刑事处罚后留下的犯罪记录。对于非法狩猎轻微案件，若检察院决定不起诉，那么从法律意义上来说，当事人并未被判定有罪，因此不会留下正式的犯罪记录，即不会有案底。

具体来说，不起诉决定可能基于以下几种情况：

1. 酌定不起诉：犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚。
2. 存疑不起诉：证据不足，不符合起诉条件。
3. 相对不起诉：犯罪情节轻微，且有相关从轻情节。

在这些情况下，由于当事人没有被法院判定有罪，因此不会留下案底。然而，需要注意的是，尽管不起诉决定意味着案件在法律程序上已经终结，但相关记录在公安机关的办案系统中仍然是可以查询到的。这些记录包括报案记录、调查取证记录等，但并不等同于正式的犯罪记录或案底。

综上所述，对于非法狩猎轻微案件，若检察院决定不起诉，当事人通常不会留下案底。但为了确保自身权益，建议当事人仍然要遵守法律法规，避免再次涉及任何违法行为。如有其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。