针对事业单位退休职工因私持有护照的处理方式，首先需要明确的是，事业单位退休职工作为公民，依法享有因私出国（境）的权利。然而，在具体操作上，可能会因地区、单位或相关政策的不同而有所差异。以下是一般性的处理建议：
一、了解相关政策
查阅单位规定：首先，建议退休职工查阅原工作单位关于因私出国（境）管理的相关规定，了解是否需要办理特殊手续或报备。
关注地方政策：同时，也应关注所在地政府或相关部门发布的关于公职人员（包括退休公职人员）因私出国（境）管理的政策文件，以确保自己的行为符合当地规定。
二、护照管理
个人持有：在大多数情况下，事业单位退休职工的因私护照可以由个人持有和管理。但需要注意的是，如果原工作单位有特别规定或要求，可能需要按照单位规定进行保管或报备。
集中保管：部分单位或地区可能会要求公职人员（包括退休公职人员）的因私护照进行集中保管。如果退休职工所在单位或地区有此类要求，应按照规定将护照交至指定部门或机构进行保管。
三、出国（境）手续
办理签证：退休职工因私出国（境）前，需要按照相关程序办理签证手续。这通常包括准备必要的申请材料、提交申请并等待审批。
报备或审批：如果原工作单位或所在地区有要求，退休职工在出国（境）前可能需要向单位或相关部门进行报备或审批。这通常涉及填写相关表格、提供出行计划等信息。
四、注意事项
遵守规定：退休职工在因私出国（境）时，应严格遵守国家法律法规和单位规定，不得从事违法违纪活动。
保持联系：在出国（境）期间，建议退休职工保持与国内原工作单位的联系，以便在必要时提供相关信息或协助。
及时归还：如果护照被要求集中保管，退休职工在回国（境）后应及时将护照归还至指定部门或机构。
综上所述，事业单位退休职工因私持有护照的处理方式需要根据具体情况而定。建议退休职工在出国（境）前仔细了解相关政策、规定和要求，并严格按照规定办理相关手续。