变更法人时，即使存在资金往来，也必须按照法定程序进行变更登记。下面我将对此进行详细分析：
一. 法人变更的法律规定
- 《中华人民共和国公司法》的相关规定：根据《公司法》，公司变更法定代表人需要依法进行登记。法人是公司的法定代表，对外代表公司，其变更涉及到公司的法律地位和对外关系，因此必须履行法定的变更登记手续。
二. 资金往来与法人变更的关系
- 资金往来不影响变更登记的必要性：资金往来是公司日常经营中的常见现象，但它并不改变法人变更的法律要求。无论公司是否存在资金往来，只要法人发生变更，就必须依法进行登记。
- 资金往来的处理：在法人变更过程中，公司应确保资金往来的合法性和合规性，并按照相关法律法规和会计准则进行处理。但这并不免除公司履行法人变更登记的法律义务。
三. 变更法人的法律后果
- 未依法变更的法律责任：如果公司未依法进行法人变更登记，可能会面临法律处罚，如罚款、警告等，甚至可能影响公司的正常经营和信誉。
- 对第三人的影响：未依法变更法人可能导致公司与第三人之间的法律关系出现混乱，引发不必要的法律纠纷。
综上所述，变更法人时，即使存在资金往来，也必须按照法定程序进行变更登记。这是公司法律地位和对外关系的明确要求，也是维护公司正常经营和信誉的必要措施。我建议公司务必重视法人变更的法定程序，确保合规经营。如有进一步需要，您可以继续咨询我。