公立医院与社会机构签订绿色通道协议是合法的。但这一结论的前提是该协议的内容必须符合法律规定，不违反相关法律法规的强制性规定，且双方主体均具有相应的民事行为能力，协议内容也是双方真实意思的表示。

以下是对这一结论的详细解释：

1. 合同有效性的法律基础：

   • 根据《民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。合同的有效要件包括：行为人具有相应的民事行为能力；意思表示真实；不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

2. 公立医院与社会机构签订协议的主体资格：

   • 公立医院作为事业单位法人，具有签订合同的民事行为能力。
   • 社会机构，如果是依法成立并有效存续的法人或其他组织，也同样具有签订合同的民事行为能力。

3. 绿色通道协议的内容要求：

   • 绿色通道协议应明确双方的权利和义务，包括但不限于服务内容、服务期限、费用结算、违约责任等。
   • 协议内容不得违反国家法律法规的强制性规定，如不得涉及非法行医、不得损害患者利益等。

4. 协议签订的程序要求：

   • 双方应就协议内容进行充分协商，确保意思表示真实。
   • 协议应以书面形式签订，并由双方授权代表签字盖章。

5. 协议的法律效力：

   • 一旦协议签订并生效，双方均应按照协议约定履行各自义务。
   • 如一方违约，另一方有权依据协议约定追究其违约责任。

综上所述，公立医院与社会机构签订绿色通道协议是合法的，但前提是协议内容必须合法、双方主体资格适格，且协议签订程序符合法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。