合同保证金被扣押是否合法，需视具体情况而定。以下是对不同情况下的详细分析：
合同约定明确且合法：
- 若双方在合法有效的合同中明确约定了保证金的扣取条件及方式，并且当出现这些约定情形时，按照约定扣取保证金，此行为具有合同依据，不构成违法。
无合同约定或超出约定范围：
- 若没有合同约定，或超出合同约定范围随意扣取保证金，则可能涉嫌违法。这种行为可能违反了《中华人民共和国民法典》中关于合同履行、公平原则等相关规定，因为一方在另一方无违约等过错情况下，擅自扣取保证金，会损害对方的财产权益。
特殊行业或领域规定：
- 某些行业或领域可能存在关于保证金管理的特殊规定。若违反这些规定扣取保证金，同样可能面临法律风险。
因此，在判断合同保证金被扣押是否合法时，需综合考虑合同约定、法律法规以及特殊行业规定等因素。若遇到无故扣取保证金的情况，当事人有权通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径来维护自身权益，要求对方说明扣取理由并退还不合理扣取的保证金。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。