非法营运扣车手续的依据主要来源于《中华人民共和国道路运输条例》及相关法律法规。当车辆因涉嫌非法营运被扣押时，车主或驾驶员应当了解并遵循以下流程：

一、明确扣车情况

首先，确认是哪个部门执行了扣车操作，并向执法人员索要扣车凭证。这份凭证应详细列明扣车的原因、法律依据以及扣押的期限，为车主后续处理提供明确的信息基础。

二、法律依据

根据《中华人民共和国道路运输条例》的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，属于非法营运行为。执法部门有权依据该条例对涉嫌非法营运的车辆进行扣押，并进行进一步的调查和处理。

三、配合调查与陈述

车主或驾驶员在接到通知后，应尽快前往指定部门配合调查。在调查过程中，应如实陈述事情经过，提供必要的证据材料，如行程记录、收费凭证等，以协助执法部门查明事实。

四、申诉与复议

如果车主对扣车行为有异议，认为自己的行为不构成非法营运，或者执法过程存在不合法之处，可以在法定期限内向执法部门提出申诉，要求重新审查案件。同时，车主也有权申请听证，并在必要时向上一级主管部门或本级人民政府提出行政复议申请，以维护自己的合法权益。

五、接受处罚与改正

经调查确认存在非法营运行为后，车主应诚恳接受执法部门给予的处罚，包括缴纳罚款、没收违法所得等。同时，应表达自己对错误的认识，并保证今后不再从事非法营运行为。如果可能的话，车主还可以补办相关营运证件，以符合合规运营的要求。

六、缴纳罚款与取回车辆

在确认罚款金额及缴纳方式后，车主应在规定期限内按时缴纳罚款，并保存好缴纳凭证。缴纳完毕后，按照执法部门的要求办理车辆取回手续。在取车时，应仔细检查车辆状况，如有损坏或缺失，应及时向执法部门提出并记录。

综上所述，非法营运扣车手续的依据主要是《中华人民共和国道路运输条例》及相关法律法规。车主在面临非法营运扣车时，应明确扣车情况、了解法律依据、积极配合调查、行使申诉与复议权利、接受处罚并改正错误、按时缴纳罚款并取回车辆。同时，也应加强法规学习，确保自身行为合法合规，避免再次陷入类似困境。