交通运输局扣车的法律依据主要来源于《公路安全保护条例》及相关道路交通安全法规，具体情形及法律依据如下：
一、超限运输车辆未随车携带通行证或未按指定要求行驶
法律依据：
- 根据《公路安全保护条例》第六十五条，经批准进行超限运输的车辆，若未按照指定时间、路线和速度行驶，公路管理机构或公安机关交通管理部门有权责令改正；拒不改正的，可以扣留车辆。
- 若未随车携带超限运输车辆通行证，公路管理机构同样有权扣留车辆，并责令车辆驾驶人提供超限运输车辆通行证或相应的证明。
法律后果：
- 扣留车辆直至驾驶人提供有效通行证或证明。
- 若存在租借、转让超限运输车辆通行证的行为，公路管理机构将没收通行证，并处以1000元以上5000元以下的罚款。
- 使用伪造、变造的超限运输车辆通行证的，公路管理机构将没收伪造、变造的通行证，并处以3万元以下的罚款。
二、道路交通安全违法行为导致的扣车
除了超限运输车辆的相关规定外，交通运输局（或其下属的公路管理机构、交通警察部门）在道路交通安全执法中，还可能依据以下法律条款扣留车辆：
未悬挂或未放置相关标志、证件：
- 依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十五条，上道路行驶的机动车若未悬挂机动车号牌、未放置检验合格标志、保险标志，或未随车携带行驶证、驾驶证的，公安机关交通管理部门应扣留机动车，并通知当事人提供相应牌证、标志或补办手续。
伪造、变造或使用伪造、变造的车辆证件：
- 依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十六条，伪造、变造或使用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证、驾驶证的，公安机关交通管理部门将收缴相关证件，扣留机动车，并处以罚款或拘留。构成犯罪的，依法追究刑事责任。
未投保机动车第三者责任强制保险：
- 依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十八条，机动车所有人、管理人若未按国家规定投保机动车第三者责任强制保险的，公安机关交通管理部门应扣留车辆至依照规定投保后，并处以罚款。
三、车辆达到报废标准
- 依据《中华人民共和国道路交通安全法》第一百条，驾驶拼装的机动车或已达到报废标准的机动车上道路行驶的，公安机关交通管理部门将收缴车辆，强制报废，并对驾驶人处以罚款和吊销机动车驾驶证。
法律建议
- 配合执法：当车辆被扣留时，驾驶人应积极配合交通运输局或相关执法部门的工作，提供必要的证件和证明。
- 了解权利：驾驶人有权了解扣留车辆的具体原因和法律依据，并有权要求执法部门出示相关执法证件和文书。
- 依法维权：若认为执法部门的扣留行为存在违法或不当之处，驾驶人可以依法向上级主管部门投诉或提起行政复议、行政诉讼等法律程序来维护自己的合法权益。
在实际操作中，交通运输局或相关执法部门会根据具体情况和法律规定来决定是否扣留车辆，并确保扣留过程的合法性和正当性。因此，驾驶人在面对车辆被扣留的情况时，也应了解相关法律知识，积极配合执法部门的工作，并依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。