公司在与员工有劳动纠纷时，可以降低营业执照注册资本，但必须按照法定程序进行。以下是对此问题的详细分析：
一. 公司减少注册资本的合法性
根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司减少注册资本是合法的，但需要满足一定的条件和程序。这些条件和程序旨在保护债权人、股东及公司的合法权益，确保减资行为的合法性和合理性。
二. 减资的程序要求
编制资产负债表及财产清单：公司在决定减少注册资本之前，必须编制资产负债表及财产清单，以清晰反映公司的资产和负债状况。
通知并公告债权人：公司应当自作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。这是为了保障债权人的利益，让其有足够的时间了解公司的减资情况，并采取相应的措施。
债权人要求公司清偿债务或提供担保：债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。这是为了进一步保护债权人的权益，确保公司在减资过程中不会损害其利益。
股东会决议：减少注册资本必须经过股东会的决议，且该决议必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
修改公司章程并办理变更登记：减资后，公司需要修改公司章程，并依法向公司登记机关办理变更登记手续。
三. 劳动纠纷与减资的关系
虽然公司与员工之间的劳动纠纷本身并不直接阻止公司减少注册资本，但公司在减资过程中必须充分考虑并妥善处理与债权人（包括员工）的关系。特别是如果劳动纠纷涉及到公司欠薪等债务问题，公司在减资前必须解决这些债务问题，或者提供相应的担保，以确保债权人的利益不受损害。
四. 建议与结论
我的建议是，如果公司在与员工有劳动纠纷的情况下计划减少注册资本，应首先解决劳动纠纷所涉及的债务问题，或者与员工就债务问题达成协议。同时，公司应严格按照法定程序进行减资操作，确保程序的合法性和合规性。
综上所述，公司在与员工有劳动纠纷时，可以降低营业执照注册资本，但必须依法进行，并确保债权人的利益得到妥善处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。