当被告在法庭上否认本人身份时，法院会根据具体情况和现有证据进行综合判断和处理。以下是对此问题的详细解答：

1. 原告举证责任：

   • 在民事案件中，如果被告的身份确认影响民事法律关系的认定，如合同签署人身份存疑，原告需要承担举证责任。原告可以通过提供多种证据来证明被告的身份，例如笔迹鉴定、指纹鉴定、证人证言、交易记录、通讯记录等。这些证据能够直接或间接地证明被告的身份。

2. 法庭核实与判断：

   • 法庭会要求被告提供有效身份证件以核实其真实身份信息。如果被告拒绝提供或提供虚假证件，法院会通过其他证据进行佐证，如立案阶段留存的被告联系方式信息、相关合同中记载的身份信息、送达地址确认书中的内容等。
   • 若经多方核实仍无法确认被告身份，且身份不明可能导致案件事实无法查清、权利义务主体不明确，法院可能会作出驳回起诉等处理。待身份明确后，原告可再行起诉。
   • 若通过现有证据能高度盖然性地认定被告身份，法院一般会继续审理案件，对实体争议进行裁判。

3. 被告否认身份的处理：

   • 被告的否认可能是一种策略，但这种策略必须在合理范围之内。如果被告毫无道理地否认身份，并阻碍了庭审的正常进行，法庭有权采取相应的措施，如训诫、罚款等。
   • 如果被告单纯口头否认身份而无合理理由及相反证据，法院一般不会采信其主张。法院会通过传唤相关证人、查看庭前调查收集的资料等进一步核实被告的身份。

4. 法律判定：

   • 在开庭时被告否认身份的情况下，法院会依据原告提供的身份信息以及相关证据进行初步审查核实。若原告提交了足以证明被告身份的材料，法院有一定依据确认被告身份。
   • 若最终仍无法确定被告真实身份，案件可能面临程序上的障碍，甚至因被告主体不明确导致案件无法继续审理而被驳回起诉。

综上所述，当被告在法庭上否认本人身份时，法院会综合考量原告提供的证据、被告的举证责任以及法庭的核实结果来作出判断。如果原告能够提供充分且有效的证据来证明被告的身份，即便被告否认，法院也可能根据证据规则认定被告的身份并继续审理案件。因此，在面临此类情况时，原告应积极准备并提供强有力的证据来支持自己的主张。