债务人持99%股权的一人公司，在特定条件下，可以追加该公司为被执行人。具体来说：

法律依据与前提条件

根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》第二十条，若一人有限责任公司的财产不足以清偿生效法律文书确定的债务，且股东不能证明其财产独立于公司财产，债权人可以申请追加该股东为被执行人，对公司债务承担连带责任。这里的关键前提是：

1. 债务未清偿：需有生效法律文书确认的债权，且公司财产已无法足额清偿。
2. 财产混同举证责任倒置：股东需提供证据证明其财产与公司财产独立，否则推定存在混同。

具体操作步骤

1. 收集证据材料：

   • 生效判决书/调解书复印件。
   • 执行案件受理通知书或终本裁定书（证明公司已无财产可供执行）。
   • 公司工商登记信息（显示公司为一人公司）。
   • 如有辅助证据，如公司银行账户流水、年度审计报告、公司财务报表等，也可一并收集。

2. 撰写追加申请：

   • 明确申请人（债权人）和被申请人（债务人/股东）信息。
   • 请求事项：追加某人为特定案件的被执行人，对其债务承担连带责任。
   • 事实与理由：阐述公司为一人公司、债务未清偿、股东未提供有效证据证明财产独立等事实。
   • 法律依据：引用《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》第二十条。

3. 提交申请并跟进：

   • 向执行法院立案庭或执行局递交书面申请。
   • 准备听证，整理证据清单及质证意见。
   • 等待法院审查，一般应在收到申请后30日内审查完毕。

注意事项与风险提示

1. 举证责任分配：债权人仅需证明公司为一人公司及债务未清偿，而股东需提供完整财务账册、审计报告等证据证明财产独立。
2. 常见败诉原因：未穷尽执行措施即申请追加、股东提供有效审计报告或银行专户证明、申请超过法定时效等。
3. 后续救济途径：对驳回裁定不服，可在15日内向上级法院复议；若追加成功，可对股东名下财产采取查封、冻结等措施。

结论

因此，在债务人持99%股权的一人公司情况下，如果满足上述法律条件和前提，债权人是有权申请追加该公司为被执行人的。但需要注意的是，这一过程需要收集充分的证据材料，并遵循法定的程序和步骤进行申请。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。