关于“检察建议后补发水土保持补偿费由谁承担”的问题，以下是我的分析：
核心结论：检察建议后补发的水土保持补偿费，通常应由原本应缴纳该费用的责任主体来承担。
分析说明：
责任主体的确定：
- 水土保持补偿费是为了保护和合理利用水土资源，对造成水土流失的单位或个人征收的一种费用。
- 因此，原本应缴纳水土保持补偿费的责任主体，通常是那些因生产建设活动造成水土流失的单位或个人。
检察建议的性质：
- 检察建议是人民检察院在履行法律监督职能过程中，针对发现的违法情形或管理漏洞，向有关单位或部门提出的改进建议。
- 检察建议本身并不直接改变法律责任或义务，而是提醒、督促相关责任主体依法履行职责。
补发费用的承担：
- 当有关单位或部门收到检察建议后，如果意识到自身存在未缴纳水土保持补偿费的问题，并决定补发该费用，那么这笔费用应由原本应缴纳该费用的责任主体来承担。
- 这是因为补发费用是对过去未履行法定义务的补救措施，责任主体应依法承担相应的法律责任。
特殊情况说明：
- 如果在特定情况下，如因政策调整、法律变更等原因导致原本应缴纳水土保持补偿费的责任主体发生变化，那么补发费用的承担主体也应相应调整。但这种情况较为罕见，且需根据具体法律法规和政策来确定。
综上所述，检察建议后补发的水土保持补偿费，一般应由原本应缴纳该费用的责任主体来承担。如果在实际操作中遇到具体问题或争议，建议咨询当地水利部门或法律专业人士以获取更准确的解答。