关于工程总承包项目水土保持费由谁承担的问题，我可以明确地告诉你，水土保持补偿费通常由项目建设单位来缴纳。接下来，我将从几个方面详细解释这一结论：

1. 缴费主体：

   • 水土保持补偿费是为了督促建设单位在项目建设期间采取水土保持措施，减少水土流失对生态环境带来的影响而设立的。因此，缴费主体通常是项目建设单位，而不是施工单位。

2. 施工单位与水土保持费的关系：

   • 施工单位一般是依据建设单位的要求以及相关规定来进行施工等活动的，它不是直接缴纳水土保持补偿费的主体。
   • 然而，如果施工单位在施工过程中出现了导致水土流失的行为并且需要承担相应责任的话，那就可能会与水土保持补偿费相关的事宜产生关联。但这并不意味着施工单位是缴费主体，而是可能需要承担因其行为导致的水土保持方面的责任。

3. 水土保持费的性质与用途：

   • 水土保持补偿费不属于二类费用，也不计入建安费。它是为了强化水土保持工作，对水土流失进行预防和治理而征收的。
   • 这种费用通常用于弥补项目建设给水土保持带来的影响以及开展相关治理工作，具有特定的征收目的和用途。

综上所述，水土保持补偿费在工程总承包项目中通常由项目建设单位来缴纳。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。