客车未在夜间规定时间内休息，将会面临相应的处罚。具体处罚措施可能因地区和具体法规而有所不同，但通常都会依据相关道路运输管理法规进行。

以深圳为例，根据《道路旅客运输企业安全管理规范》及广东省的相关通知，长途客运车辆在凌晨2时至5时是需要停止运行或实行接驳运输的。对于违反这一规定的车辆，交警部门会进行严格的查处，并依法给予处罚。处罚的具体形式可能包括罚款、扣分、暂扣车辆或者吊销驾驶证等，这取决于违规的严重程度以及当地的具体法规。

此外，除了凌晨2时至5时的运行限制，交警还会严查客车是否超员载客，驾驶员是否存在连续驾驶超4小时未休息20分钟以上的疲劳驾驶行为等违法行为。这些行为同样会面临严厉的处罚。

因此，为了确保行车安全，客车驾驶员应严格遵守相关规定，合理安排行车时间，避免疲劳驾驶，并在规定的休息时间内进行休息。这样不仅可以保障驾驶员自身的安全，也可以确保乘客的安全，避免因为违规行驶而带来的不必要的风险和损失。