对于客车夜间2点到5点超过3分钟的情况，根据相关法律法规，这将被视为违反了客运车辆特殊时段运行的规定。以下是对此问题的详细解答：

一、法规依据

1. 《道路旅客运输企业安全管理规范》 第三十八条明确规定：

   • 长途客运车辆凌晨2时至5时必须停止运行或实行接驳运输。

2. 《中华人民共和国道路交通安全法》 及 《道路运输条例》 也对客运车辆的运行时间和驾驶员的休息时间有具体规定，并要求严格遵守以确保行车安全。

二、处罚措施

1. 针对驾驶员：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》，公安机关交通管理部门可对违规的客车驾驶员处以20元以上200元以下的罚款，并记3分。

2. 针对客运企业：

   • 若客运企业违反规定，允许客车在凌晨2点到5点运行，根据《道路运输条例》，道路运输管理机构有权责令其改正，并处以1000元以上3000元以下的罚款。
   • 情节严重的，还可能面临由原许可机关吊销道路运输经营许可证的风险。

三、实际处理情况

• 在实际操作中，具体的罚款金额和处罚措施可能会因地区、违规情节以及是否造成严重后果等因素而有所不同。
• 交通管理部门通常会根据违规的严重程度和实际情况，对驾驶员和企业进行相应的处罚。

四、建议与预防措施

1. 严格遵守规定：

   • 客运企业和驾驶员应严格遵守关于客运车辆运行时间和休息时间的规定，特别是凌晨2点到5点的停运或接驳运输规定。

2. 合理规划行程：

   • 在制定运输计划时，应充分考虑驾驶员的休息时间和行车安全，确保驾驶员得到充分的休息。

3. 加强监管：

   • 交通运输管理部门应加强对客运企业和车辆的监管力度，对违规行为进行及时有效的查处。

4. 提高安全意识：

   • 驾驶员和客运企业应提高交通安全意识，认识到违规运行的严重后果，自觉遵守相关规定。

综上所述，客车夜间2点到5点超过3分钟将依据相关法律法规受到相应的处罚。为避免不必要的法律后果和安全隐患，建议客车驾驶员和客运企业严格遵守相关交通法规，合理规划行程，确保行车安全。