针对您提出的大客车在凌晨2点至5点禁行时段违规通行高速公路的处罚问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、处罚依据

根据《中华人民共和国道路交通安全法》以及《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，将面临警告或者二十元以上二百元以下罚款的处罚。同时，如果驾驶机动车违反禁令标志、禁止标线指示，还将被一次记1分。

二、具体处罚情况

以重庆地区为例，公安交管部门对在凌晨2点至5点禁行时段违规通行高速公路的营运客车，通常会依法作出罚款100元，驾驶证记1分的处罚。这一处罚标准并非固定不变，而是根据具体地区的交通管理规定和实际情况可能有所调整。但无论如何，违规通行都将面临相应的法律处罚。

三、禁行原因

禁止客运车辆在凌晨2点至5点进入高速公路行驶，主要是出于以下三方面的考量：

1. 驾驶员生理限制：人体生物钟导致这个时间段内疲劳驾驶风险激增，高速公路长途驾驶极易导致驾驶人产生困倦、反应迟钝、判断力下降，从而容易发生交通事故。

2. 救援处置难度增加：客运车辆乘载了大量的乘客，夜间行车乘客往往处于睡眠状态，一旦发生事故，乘客难以迅速反应和自救，增加了救援处置的难度。

3. 交通违法行为易发：由于夜间车辆相对较少、车企内部监管相对薄弱，部分驾驶人可能抱有侥幸心理，出现超速、超载、超时行驶等违法行为。

四、建议与提醒

1. 自觉遵守交通法规：作为营运车辆的驾驶员，应自觉遵守交通法规，合理安排行车时间，确保行车安全。

2. 加强动态监管：客运企业应建立健全动态监控管理制度，明确各类人员职责，加强营运车辆的动态监管，严格落实凌晨2点至5点停止运行的管理规定。

3. 严肃处理违规行为：对于违规通行的车辆和驾驶员，企业应及时进行严肃处理，并加强教育，确保类似行为不再发生。

综上所述，大客车在凌晨2点至5点禁行时段违规通行高速公路将面临罚款和驾驶证记分的处罚。为了您和他人的生命安全，请务必自觉遵守交通法规，合理安排行车时间。