三方协议实习开始时间可以晚于提交时间。三方协议主要是明确学校、学生和企业三方在实习过程中的权利和义务，其提交时间主要关乎协议的签订和生效流程，而并不严格限制实习的开始时间。

在实际操作中，由于各种原因（如学校审批流程、企业安排等），实习的开始时间可能会晚于三方协议的提交时间。这并不影响协议的有效性，只要协议中明确规定了实习的具体时间、地点、工作内容、报酬等关键条款，并且各方都签字盖章确认，那么协议就是有效的。

不过，为了避免可能出现的纠纷或误解，建议在签订三方协议时，尽量将实习的开始时间、结束时间等关键信息明确写清楚，并且确保各方都对此没有异议。如果实习时间有变动，也应及时与协议的其他方进行沟通，并尽可能以书面形式（如补充协议）进行确认。

总的来说，三方协议的实习开始时间并不受提交时间的严格限制，但应确保协议内容的准确性和各方的一致性，以保障实习的顺利进行。