是的，刑事案件中夫妻在地下机构合成的冷冻胚胎，如果确认是受害人夫妻的，那么它仍然被视为受害人夫妻的合法财物。这一结论可以从以下几个方面进行阐述：

一. 冷冻胚胎的法律属性

1. 法律未明确界定：我国现行法律对胚胎的法律属性没有明确规定。但根据相关法律原则，受精胚胎并未被定性为禁止继承的物。
2. 视为合法财产：在司法实践中，有观点认为冷冻胚胎应视为《继承法》中的“公民的其他合法财产”予以继承。这意味着，在法律上，冷冻胚胎可以被视为一种具有财产属性的存在。

二. 刑事案件中财物的返还原则

1. 返还原则：根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，“犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还”。
2. 应用于冷冻胚胎：如果确认冷冻胚胎是受害人夫妻的合法财物，那么根据这一条款，公安机关在刑事案件中应当及时将这些冷冻胚胎返还给受害人夫妻。

三. 地下机构合成的冷冻胚胎的特殊性

1. 合法性问题：虽然冷冻胚胎是在地下机构合成的，但这并不影响其作为受害人夫妻合法财物的属性。关键在于确认这些冷冻胚胎确实属于受害人夫妻所有。
2. 道德和伦理考量：虽然地下机构的行为可能涉及违法或违规，但这与冷冻胚胎作为受害人夫妻合法财物的认定是两个不同的问题。道德和伦理的考量不影响法律上的财产认定。

综上所述，刑事案件中夫妻在地下机构合成的冷冻胚胎，如果确认是受害人夫妻的，那么它仍然被视为受害人夫妻的合法财物，并应依据《刑法》的相关规定及时予以返还。

我的建议：在处理此类案件时，应严格遵循相关法律规定，确保受害人的合法权益得到保障。同时，对于地下机构涉及违法或违规的行为，也应依法予以查处。如有进一步需要，您可以继续咨询我。