单位做背景调查是否会查案底，主要取决于单位的性质、招聘岗位的敏感性以及相关法律法规的要求。以下是对此问题的详细分析：

1. 一般情况：

   • 在普通的入职流程中，大多数单位不会主动专门去查询员工的案底。单位更关注的是求职者的专业技能、工作经验和教育背景等与工作直接相关的能力和资质。

2. 特定行业或岗位：

   • 涉及国家安全、重要机密等特殊领域：如军工企业、国家安全部门等单位，由于工作性质的特殊性，会进行严格的背景调查，包括查询应聘者是否有案底，以确保员工背景的清白和可靠。
   • 教育、医疗、食品行业：这些行业由于工作对象的特殊性，如学校招聘教师、医疗机构招聘医护人员、食品企业招聘关键岗位人员等，为保障公共利益，通常会进行背景调查，了解应聘者有无可能影响工作的案底情况。
   • 金融行业：银行、证券等金融机构在招聘资金管理、高级管理等关键岗位时，为防范风险，确保员工诚信和职业操守，也可能会查询应聘者的案底，特别是经济犯罪方面的记录。

3. 法律明确要求：

   • 某些特定法律规定了特定行业、岗位禁止有特定案底的人员从事相关工作。例如，《中华人民共和国教师法》规定，受到剥夺政治权利或故意犯罪受到有期徒刑以上刑事处罚的，不能取得教师资格；已取得的，丧失教师资格。

4. 法律对案底查询的规定：

   • 法律并未明确规定单位必须或不能查询员工的案底，这主要由单位的内部规定和实际需求决定。但根据《中华人民共和国刑事诉讼法》，犯罪时不满十八周岁且被判处五年有期徒刑以下刑罚的犯罪记录应予封存，不得向任何单位和个人提供（司法机关办案需要或有关单位根据国家规定进行查询的除外），且查询单位应对封存记录保密。

5. 单位的合理怀疑与核实：

   • 如果单位有合理的怀疑或依据认为某个员工可能存在不良行为或犯罪记录，且这种怀疑与员工的工作表现、职业道德等紧密相关，单位在遵守相关法律法规的前提下，可能会采取措施核实情况。

综上所述，单位是否会查询员工的案底是一个复杂的问题，需综合考虑多种因素。如果你对单位是否会查询案底有特别的关注或担忧，建议在入职前与单位明确沟通，了解其具体的背景和调查政策，以便做出相应的准备和决策。如果你有任何关于此问题的进一步疑问或需要更详细的法律咨询，请直接向我提问。