公司被调查时，员工配合做笔录本身不会留下案底。以下是针对这一问题的详细分析：

一. 案底的定义与产生条件

案底，即公民个人犯罪记录，是国家专门机关对犯罪人员情况的客观记载和信息记录。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十二条的规定：“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。”这意味着，案底的产生必须以人民法院的生效判决为依据。只有当个人被人民法院认定为有罪并判处刑罚时，才会在个人记录中留下案底。

二. 做笔录的性质与影响

1. 笔录的性质：笔录是公安机关或司法机关在办理案件过程中，为记录证人、犯罪嫌疑人或目击证人的详细身份和话语而制作的文字材料。它作为案件卷宗档案的一部分，由被询问人签字确认后放入档案，但并不会对被询问人产生直接影响，也不会放入其个人档案。
2. 做笔录的影响：配合警方做笔录是公民应尽的义务，也是协助司法机关查明案情、打击犯罪的重要手段。只要被询问人如实陈述事实，没有隐瞒或虚构，就不会因此产生案底。

三. 公司被调查与员工案底的关系

1. 公司违法行为与员工案底：公司作为一个法人实体，其违法行为虽然可能导致法律后果，但这些后果通常记录在公司名下，与普通员工的个人记录是分开的。员工配合公司调查做笔录，并不意味着员工会因此产生案底。
2. 员工涉案与案底：如果员工在公司被调查过程中被发现存在犯罪行为，并经过司法程序被定罪，那么该员工才会产生案底。但这种情况与员工配合做笔录本身无关，而是取决于员工是否存在犯罪行为。

四. 特殊情况的处理

需要注意的是，如果员工在配合调查过程中提供了虚假证言或隐瞒了重要事实，可能会涉嫌伪证罪或包庇罪等刑事责任。但这种情况下的案底产生，并不是因为做笔录本身，而是因为员工的违法行为。

我的观点：公司被调查时，员工配合做笔录是协助司法机关查明案情的重要步骤，本身不会留下案底。但员工应如实陈述事实，避免涉及违法行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。