关于事业单位是否会追究处分普通员工2012年9月之前的不起诉记录和吸毒记录，这个问题需要从多个角度进行分析。

1. 法律角度：

   • 不起诉记录：如果员工在2012年9月之前涉及刑事案件，但最终被检察机关决定不起诉，那么根据《刑事诉讼法》的相关规定，不起诉决定意味着员工在法律上没有被判定有罪。因此，从法律层面讲，事业单位通常没有依据去追究这一不起诉记录。
   • 吸毒记录：吸毒属于违法行为，但并非犯罪行为。对于吸毒记录，其法律后果主要体现在行政处罚和可能的强制戒毒等方面。如果员工已经完成了相应的法律程序并改正了行为，那么事业单位在后续的管理中，通常不会单独因为过去的吸毒记录而进行追究处分，除非该记录与员工的当前工作性质或职责有直接关系，且对单位造成了不良影响。

2. 事业单位内部管理角度：

   • 事业单位有其自身的规章制度和管理要求。对于员工的过往记录，单位可能会进行一定程度的审查，但具体是否会追究处分，还取决于单位的管理政策、员工的岗位性质、以及员工在工作中的实际表现等多个因素。
   • 如果事业单位认为员工的过往记录对其工作没有实质性影响，或者员工已经通过实际行动证明了自己的改变和进步，那么单位可能会选择不追究或减轻处分。

3. 实际操作建议：

   • 员工应主动向事业单位说明自己的过往记录，并展示自己已经改正错误、积极向上的态度。
   • 如果事业单位对员工的过往记录有所顾虑，员工可以积极与单位沟通，解释情况，并提供相关证明材料。
   • 员工还可以咨询专业的法律顾问或律师，了解自己的法律权益和应对策略。

综上所述，事业单位是否会追究处分普通员工2012年9月之前的不起诉记录和吸毒记录，并没有一个统一的答案。这取决于多个因素的综合考量，包括法律层面、事业单位内部管理角度以及员工的实际情况等。因此，建议员工在面对这种情况时，应主动与单位沟通，并寻求专业的法律支持。