企业工会不可以设在事业单位工会。下面是对此问题的详细分析：

一. 工会组织的独立性

1. 根据《工会法》的相关规定，企业、事业单位、机关等都可以依法各自组织工会。这意味着，企业工会和事业单位工会是分别基于各自的组织性质而设立的，具有独立性。
2. 企业工会主要代表企业员工的利益，而事业单位工会则代表事业单位员工的利益。两者在职责、功能和服务对象上存在差异。

二. 工会组织的设立原则

1. 工会组织的设立应遵循“一地一工会”的原则，即在一个独立的法人单位内，通常只设立一个工会组织。
2. 企业和事业单位作为不同的法人实体，应分别设立各自的工会组织，以更好地维护各自员工的权益。

三. 实际操作的考虑

1. 从实际操作的角度看，将企业工会设在事业单位工会下，可能会引发管理上的混乱和职责上的不清。
2. 各自设立工会组织，有助于明确职责，提高工作效率，更好地服务员工。

综上所述，企业工会和事业单位工会应分别设立，不能将企业工会设在事业单位工会下。这样做既符合法律法规的规定，也符合工会组织的设立原则和实际操作的考虑。如有进一步需要，您可以继续咨询我。