毕业证存根照片一般不可以直接用作入职材料。在入职过程中，用人单位可能需要验证求职者的毕业证书等学历信息，但通常要求提供的是毕业证书的原件、复印件或经过正式认证的学历证明，而非仅仅是毕业证存根的照片。

首先，毕业证存根照片可能无法提供足够的细节和信息来验证学历的真实性。毕业证书包含了诸多重要的防伪信息和细节，如学校的印章、校长的签名、证书的编号等，这些在照片中可能无法清晰展现，从而无法有效证明学历的真实性。

其次，使用毕业证存根照片作为入职材料可能不符合正规流程。在大多数情况下，用人单位会要求求职者提供毕业证书的原件或经过公证的复印件，以便进行更为严格的验证。仅仅提供照片可能无法满足这一要求。

此外，从信息安全和个人隐私保护的角度来看，将毕业证存根照片用作入职材料也可能存在风险。如果照片被不当使用或泄露，可能会对求职者的个人隐私造成侵害。

因此，建议求职者在入职时提供正式的毕业证书原件、复印件或经过认证的学历证明，以确保信息的真实性和准确性，并保护自己的个人隐私。如果遇到用人单位要求提供毕业证存根照片等不常规材料的情况，建议谨慎对待，并咨询相关部门或专业机构的意见。