工伤不认定材料认定完后通常会退回。具体来说：

1. 一般情况：申请人提交工伤认定材料后，社保行政部门会进行审核。认定程序结束后，除留存作档案资料的部分外，其余材料会退回申请人。留存的档案资料主要用于记录认定过程和结果，供后续查询或审查。

2. 特殊情况：若提交的材料中有原件，且该原件并非认定工伤所必需的，那么经过与认定机构沟通协调，存在退回原件的可能性。但如果是关键证明材料的原件，基本都会被留档。

3. 维权使用：如果申请人对工伤认定结果有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。此时，退回的材料可以作为维权的证据使用。

因此，在工伤认定流程结束后，除了必要的档案资料外，其余材料通常会退回给申请人。建议申请人在提交材料前自行留存好复印件等备份，以防止后续需要使用相关材料时因原件被留档而无法提供的情况发生。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。