申请二级劳动关系协调员时提示证书登记不合法，很可能是因为不符合报考条件或提供的材料存在问题。具体分析如下：

一. 不符合报考条件

1. 学历或工作经验不足：根据相关规定，申请二级劳动关系协调员通常需要具备一定的学历背景和相关工作经验。如果学历或工作经验未达到要求，申请将被视为不合法。例如，若规定需要本科及以上学历及相关工作经验三年以上，而申请人仅具备大专学历或工作经验不足，则不符合报考条件。
2. 未通过前置考试或培训：某些地区或机构可能要求申请人在申请二级劳动关系协调员前，需先通过一级或相关基础考试、培训。若未满足这一条件，也会导致申请不合法。

二. 提供的材料存在问题

1. 材料不真实：如果申请人提供的学历证明、工作经验证明或其他相关材料存在伪造、篡改等不真实情况，申请将被视为不合法。
2. 材料不完整：申请时可能需要提交一系列材料，如身份证、学历证、工作证明等。如果材料不完整或缺失，也可能导致申请不合法。

三. 其他可能原因

1. 系统错误：在某些情况下，可能是由于系统错误或数据更新不及时导致的提示错误。这种情况下，建议联系相关部门或机构进行核实和纠正。
2. 政策变动：如果相关政策或规定在近期有所变动，而申请人未及时了解或适应新的政策要求，也可能导致申请不合法。

我建议：首先，仔细核对报考条件，确保自己符合所有要求。其次，认真检查提供的所有材料，确保真实、完整且有效。如果确认自己符合报考条件且材料无误，但问题仍未解决，建议联系相关部门或机构进行咨询和申诉。如有进一步需要，您可以继续咨询我。