子公司受益时，母公司不可以在合同中直接约定由子公司付款。以下是对此问题的详细分析：

1. 子公司与母公司的法律独立性：

   • 根据《中华人民共和国公司法》第十四条，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。这意味着子公司和母公司在法律上是两个独立的实体，各自拥有独立的财产权和经营权。

2. 合同相对性原则：

   • 合同是当事人之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。根据合同相对性原则，合同中的权利和义务只对合同当事人具有法律约束力。因此，如果母公司在合同中约定由子公司付款，而子公司并非合同的当事人，那么这种约定对子公司没有法律约束力。

3. 财务和会计处理的独立性：

   • 子公司和母公司在财务和会计处理上也是独立的。子公司的财务状况和经营成果应当独立反映在其财务报表中，而不能与母公司的财务报表合并。因此，从财务和会计的角度来看，母公司也不能在合同中直接约定由子公司付款。

4. 可能的法律后果：

   • 如果母公司在合同中擅自约定由子公司付款，而子公司未履行该付款义务，那么母公司可能会面临合同违约的法律风险。同时，这种约定也可能引发子公司与母公司之间的内部纠纷，甚至可能导致法律诉讼。

综上所述，子公司受益时，母公司不可以在合同中直接约定由子公司付款。如果母公司希望子公司承担某些费用或义务，应当通过合法的方式（如签订协议、转让债权等）来实现，并确保符合相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。