认定违规承包科室主要可以从以下几个方面进行：

一、承包主体判断：

首先，要确认承包方是否为非本医疗机构的人员或其他机构。这通常涉及对承包方身份和与医疗机构关系的核实。如果承包方并非医疗机构的在编在册人员，或者与医疗机构之间未形成正式的聘用关系，那么这种承包行为就可能被视为违规。

二、承包内容分析：

其次，要审查承包合同的具体内容。违规承包往往涉及医疗机构科室或房屋的承包，并以该医疗机构的名义开展诊疗活动。这通常表现为合同中明确规定的承包期限、管理费或利润分成、以及承包方使用医疗机构的名义进行诊疗等条款。如果合同中存在这些要素，那么就需要进一步警惕是否存在违规承包。

三、医疗活动合规性审查：

此外，还需要对承包方开展的医疗活动进行合规性审查。这包括检查承包方是否具备相应的医疗资质、是否按照医疗规范进行操作、是否存在医疗安全隐患等。如果承包方的医疗活动存在不合规或安全隐患，那么这种承包行为就很可能被视为违规。

四、综合判断与风险评估：

最后，需要综合考虑上述各方面因素，并进行风险评估。如果承包行为涉及非本医疗机构人员、承包医疗机构科室或房屋、以医疗机构名义开展诊疗活动，并且存在医疗安全隐患和损害广大群众利益的风险，那么这种承包行为就很可能被认定为违规承包。

在实际操作中，对于涉嫌违规承包的科室，相关部门通常会进行详细的调查和取证工作，以确保认定的准确性和公正性。同时，医疗机构和承包方也应该加强自律和管理，确保医疗活动的合规性和安全性。