关于冷藏车运输水果因打冻（温度问题）导致损失如何赔偿的问题，这确实是一个涉及物流运输和法律责任判断的复杂情况。以下是我根据相关法律和常见实践，为您提供的详细解答：

首先，要明确的是，当冷藏车在运输过程中因温度控制不当导致水果损坏时，赔偿责任的归属需要依据双方签订的运输合同以及相关法律法规来确定。

1. 检查合同条款：

   • 双方应首先查阅运输合同中关于货物损坏赔偿的条款。如果合同中有明确约定赔偿方式、标准或限额，那么应按照合同约定执行。
   • 如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么需要依据相关法律法规来判定赔偿责任。

2. 法律依据：

   • 根据《民法典》的相关规定，承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担赔偿责任。但是，如果承运人能够证明货物的毁损、灭失是因不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，那么承运人不承担赔偿责任。
   • 在本案例中，如果冷藏车温度控制不当是由于承运人的过错（如设备故障未及时维修、操作不当等）导致的，那么承运人应承担相应的赔偿责任。

3. 赔偿金额的计算：

   • 赔偿金额通常根据货物的实际损失来计算，包括货物的直接损失（如水果的售价降低、数量减少等）以及可能的间接损失（如因货物损坏导致的销售延误、客户流失等）。
   • 在具体计算时，可以参考货物在交付或应当交付时的市场价格，或者根据双方协商达成的赔偿标准来确定。

4. 纠纷解决方式：

   • 如果双方对赔偿责任或赔偿金额存在争议，可以通过协商、调解或诉讼等方式来解决纠纷。
   • 在本案例中，双方最终通过调解达成了赔偿协议，这是一个相对高效且成本较低的纠纷解决方式。

5. 预防措施：

   • 为了避免类似纠纷的发生，建议在签订运输合同时，双方应明确约定运输温度、责任承担、损坏赔偿等关键条款。
   • 同时，承运人应加强冷藏车的维护和检查，确保设备处于良好状态，以避免因设备故障导致的温度控制不当问题。

综上所述，冷藏车运输水果因打冻导致损失的赔偿问题需要根据双方签订的运输合同以及相关法律法规来判定。在实际操作中，双方应加强沟通与合作，明确责任和义务，以避免类似纠纷的发生。如果发生纠纷，应通过合法途径寻求解决方案。