医疗机构在申请注销时，若存在未结案的行政处罚案件，处理起来需要特别谨慎。以下是我根据相关法律法规及实务经验给出的详细解答：

1. 原则性规定：

   • 根据相关法律法规，医疗机构在注销前，应当确保所有与其相关的法律事务，包括行政处罚案件，都已得到妥善处理。
   • 若存在未结案的行政处罚案件，原则上应当先完成案件的处理，再进行注销申请。

2. 具体处理流程：

   • 与行政机关沟通：首先，医疗机构应与负责处理行政处罚案件的行政机关进行积极沟通，了解案件进展、预计结案时间以及可能的处理结果。
   • 配合调查处理：在案件处理过程中，医疗机构应积极配合行政机关的调查，提供必要的证据材料，并按时参加听证会等程序。
   • 等待结案：在案件未结案前，医疗机构应暂停注销申请，等待行政机关作出最终处理决定。
   • 根据处理结果采取行动：
     • 若行政机关决定给予行政处罚，医疗机构应依法履行处罚决定，如缴纳罚款、整改等。
     • 若行政机关决定撤销案件或不予处罚，医疗机构在确认无其他法律障碍后，可继续申请注销。

3. 特殊情况下的处理：

   • 若医疗机构因特殊原因（如经营不善、资不抵债等）急需注销，而行政处罚案件又长期悬而未决，可考虑通过法律途径寻求解决方案，如申请行政复议、提起行政诉讼等，以加快案件处理进程。
   • 在此过程中，医疗机构应充分评估法律风险，并咨询专业律师的意见，以确保自身合法权益得到保障。

4. 注销后的法律责任：

   • 需要注意的是，即使医疗机构已经注销，若其之前存在的违法行为被查实并应受处罚，相关责任人员仍可能面临法律责任追究。
   • 因此，在注销前务必确保所有法律事务已妥善处理，以避免后续的法律风险。

综上所述，医疗机构在申请注销时，若存在未结案的行政处罚案件，应先与行政机关沟通并积极配合处理案件，待案件结案后再进行注销申请。若情况特殊，可考虑通过法律途径寻求解决方案。在整个过程中，务必保持谨慎态度并咨询专业律师的意见。