卫生部门违规向学校收取费用，应由县级人民政府教育行政部门或其上一级行政主管部门要求其退还费用。具体分析如下：

一. 责任部门的确定

1. 一般情况：根据相关规定，当学校面临违规收费时，通常是由县级人民政府教育行政部门负责责令其退还所收费用。这一规定旨在维护教育收费的合法性与规范性，保护学生的合法权益。

2. 特殊情况：若违规收费的主体是卫生部门，且该行为涉及到了学校，那么除了县级人民政府教育行政部门外，其上一级行政主管部门（如市级或省级教育行政部门，或是卫生部门的上级机关）也有权要求其退还费用，并可能对相关责任人进行处分。

• 例如，如果卫生部门以某种名义向学校违规收取了费用，学校可以首先尝试与卫生部门协商退款。协商无果后，可以向县级人民政府教育行政部门反映情况，请求其介入处理。若问题仍未解决，还可以进一步向上级行政主管部门投诉。

二. 处理流程与建议

1. 协商：首先，学校可以尝试与卫生部门进行沟通，明确表达其违规收费的行为，并请求退还费用。

2. 投诉：若协商无果，学校应向县级人民政府教育行政部门或其上一级行政主管部门提交书面投诉材料，详细陈述违规事实，并附上相关证据，如收据、通知等。

3. 法律途径：若行政途径未能解决问题，学校还可以考虑向法院提起诉讼，通过法律手段来维护自身的合法权益。

我的观点是，面对卫生部门违规向学校收取费用的情况，学校应坚决维护自身的合法权益，按照上述流程逐步处理，并保留好相关证据以便后续使用。如有进一步需要，您可以继续咨询我。