针对你提出的问题“生前签了遗体捐献协议，在无人知晓的情况下去世只剩骨骼了，遗体捐献协议还有效吗？”，我给出以下分析：

首先，明确结论：遗体捐献协议在签署人去世后，即使只剩下骨骼，仍然具有法律效力，但具体执行可能会受到实际情况的限制。

接下来，详细分析：

1. 遗体捐献协议的法律性质：

   • 遗体捐献协议是签署人自愿将其遗体在去世后用于医学、科学、教育等目的的一种法律行为。
   • 该协议一旦签署并生效，就具有法律约束力，除非存在法定无效或可撤销的情形。

2. 去世后的遗体状态：

   • 你提到“只剩骨骼”，这可能是由于遗体在自然环境下分解、腐烂或经过特殊处理（如火化）后的结果。
   • 无论遗体的具体状态如何，只要遗体捐献协议在签署时是有效且合法的，那么它就不因遗体的状态改变而失效。

3. 协议执行的实际限制：

   • 尽管遗体捐献协议具有法律效力，但在实际执行时可能会受到一些限制。
   • 例如，如果遗体已经严重损坏或无法用于原定的医学、科学、教育等目的，那么相关机构可能会根据实际情况决定是否接受该遗体。
   • 另外，如果签署人在去世前没有明确表达其遗体捐献的意愿，或者存在其他法律上的争议，那么协议的执行也可能会受到影响。

4. 建议与注意事项：

   • 如果你或你的家人有签署遗体捐献协议的打算，建议提前咨询专业律师或相关机构，了解具体的法律要求和程序。
   • 同时，也要确保在签署协议前充分了解并接受协议中的所有条款和条件。
   • 在去世后，如果遗体捐献协议的执行遇到任何问题或争议，可以寻求法律途径进行解决。

综上所述，遗体捐献协议在签署人去世后仍然具有法律效力，但具体执行可能会受到实际情况的限制。如果你有任何关于遗体捐献协议的问题或疑虑，可以直接向我咨询。