修改公司组织架构通常需要经过董事会决议。具体分析如下：

一. 法律依据

1. 《公司法》第四十六条：董事会对股东会负责，行使下列职权：……（十一）公司章程规定的其他职权。公司章程可以规定修改公司组织架构需要董事会决议。
2. 《公司法》第三十七条：股东会行使下列职权：……（二）选举和更换非由职工代表担任的董事、监事，决定有关董事、监事的报酬事项；……（十）修改公司章程；……。修改公司组织架构可能涉及公司章程的变更，而公司章程的修改需要股东会决议。

二. 分析说明

1. 董事会职权：根据《公司法》第四十六条，董事会作为公司的执行机构，有权行使公司章程规定的职权。如果公司章程明确规定修改组织架构需要董事会决议，那么董事会就有权对此进行决策。
2. 股东会职权：同时，根据《公司法》第三十七条，股东会是公司的权力机构，有权决定公司的重大事项，包括修改公司章程。由于修改公司组织架构可能涉及公司章程的变更，因此通常需要股东会的最终批准。
3. 实际操作：在实践中，修改公司组织架构往往是一个复杂的过程，可能涉及多个部门的调整、职责的重新划分等。因此，通常需要董事会先进行讨论和决策，形成决议后，再提交给股东会进行最终批准。

三. 结论

综上所述，修改公司组织架构通常需要经过董事会决议，并可能需要股东会的最终批准。具体流程还需根据公司章程和实际情况进行确定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。