如果合法性审核结论为予以修改，那么应当依据审核意见对相关内容进行修改，并重新提交审核。具体分析如下：

一. 理解合法性审核的性质

• 合法性审核是对某一事项或文件是否符合法律法规进行审查的过程。当审核结论为“予以修改”时，意味着当前的内容或事项存在与法律法规不符或需要进一步完善的地方。

二. 根据审核意见进行修改

1. 详细阅读审核意见：仔细审阅审核机构出具的审核意见，明确需要修改的具体内容、修改的原因以及修改的建议。
2. 对照法律法规修改：根据审核意见，对照相关的法律法规，对需要修改的内容进行逐一调整，确保修改后的内容符合法律法规的要求。
3. 重新梳理逻辑和表述：在修改过程中，不仅要关注具体内容的修改，还要对整体的逻辑和表述进行重新梳理，确保修改后的内容更加严谨、清晰。

三. 重新提交审核

• 修改完成后，应重新提交给审核机构进行审核。在重新提交时，可以附上修改说明，简要阐述修改的内容、原因以及修改后的效果。

四. 持续关注审核进展

• 在重新提交审核后，应持续关注审核的进展，及时了解审核结果。如果审核再次提出修改意见，应再次进行修改并重新提交，直至审核通过为止。

我建议，在修改过程中，务必保持与审核机构的沟通，对于不明确或存在争议的问题，可以及时咨询审核机构，以确保修改的方向和内容的准确性。同时，也要加强对相关法律法规的学习和理解，提高自身的法律素养，以更好地应对未来的合法性审核工作。如有进一步需要，您可以继续咨询我。